Der Fledermausschutz im Landkreis Freising erfolgt in enger Zusammenarbeit mit der Bayerischen Koordinationsstelle für Fledermäuse in Waldkraiburg.
Im Landkreis Freising konnten bisher 15 verschiedene Fledermausarten nachgewiesen werden, davon 8 Arten mit Fortpflanzungsnachweis (Wochenstuben). Im Einzelnen waren es: das Große Mausohr,
Braunes und Graues Langohr, Fransenfledermaus, Kleine und Große Bartfledermaus, Großer und Kleiner Abendsegler, Zwergfledermaus, Zweifarbfledermaus, Mopsfledermaus, Nordfledermaus,
Bechsteinfledermaus, Wasserfledermaus und die Rauhautfledermaus.
Der Fledermausschutz umfaßt folgende Aktivitäten: